O Palácio do Catete foi construído para ser a residência da Família do Barão de Nova Friburgo em 1866.
O Palácio foi projetado em 1858 pelo arquiteto alemão Gustave Waehneldt (1830-1873) e ocupado pela família de Antônio Clemente Pinto (1795-1869), barão de Nova Friburgo em 1865 um ano antes do término das obras do então denominado Palácio de Nova Friburgo. A obra que durou de 1858 a 1866 contou com a participação de escultores, estucadores, gravadores, pedreiros, carpinteiros, entre outros da Alemanha, Portugal e França.
Destacam-se a participação de Quirino Antonio Vieira, responsável pelos ornamentos e esculturas da fachadas, e do pintor alemão Emil Bauch, principal responsável pela decoração dos interiores. Os retoques de acabamento levaram mais quase uma década para serem finalizados.
Estima-se que as obras custaram cerca de 5.000 contos de réis, sendo uma das luxuosas residências da corte imperial.
No ano 1897, Manuel Vitorino, então vice-presidente do Brasil, assumiu o controle do governo após uma doença do presidente Prudente de Morais. Vitorino, que havia adquirido o Palácio do Catete, fez do local a sede do poder executivo nacional.
Apesar de ter sido local de trabalho comum a todos os presidentes, poucos usaram o Palácio do Catete como moradia. A maioria preferia residir nos outros imóveis oficiais da Presidência da República na cidade, como o Palácio Guanabara e o Palácio Laranjeiras.
Em 6 de abril de 1938, o Palácio do Catete e seu Jardim foram tombados pelo recém-criado Serviço do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (SPHAN), hoje Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN). O tombamento do jardim do Palácio é um instrumento de proteção e preservação de seus traços paisagísticos, que não podem ser alterados sem autorização prévia do IPHAN.
Muitos acontecimentos marcaram a história do Palácio do Catete. O falecimento do presidente Afonso Pena, em 1909, a assinatura de guerra contra a Alemanha, no ano de 1917 durante a Primeira Grande Guerra Mundial, e o suicídio do Presidente Getúlio Vargas.
Em 1960 a sede da capital federal foi deslocada para Brasília. Com isso, o Palácio do Catete passou a ser o Museu da República, um dos mais completos da cidade do Rio de Janeiro.
